Pour les gens que ça intéresse, un bout de mon .htaccess :

AddType x-mapp-php5 .php

RewriteEngine On

#là ou est installer dotclear par rapport à la racine de votre site
RewriteBase /

#redirection des flux rss, site et commentaires mais pas pour un billet :(
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} rss.php
RewriteCond %{QUERY_STRING} type=co
RewriteRule .* feed/rss2/comments [R=301,L]
RewriteRule ^rss.php$ feed/rss2 [R=301,L]

#redirection des flux atom, site et commentaires mais pas pour un billet :(
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} atom.php
RewriteCond %{QUERY_STRING} type=co
RewriteRule .* feed/atom/comments [R=301,L]
RewriteRule ^atom.php$ feed/atom [R=301,L]

#réécriture du chemins des images des anciens posts
RewriteRule ^images/(.*) http://mainpages.info/cid/images/$1 [L]

#petit hack de merde pour les fichiers publiques
RewriteRule ^public/(.*) publics/%{HTTP_HOST}/$1 [L]

#pour ne par réécrire quand on pointe vers un fichier
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
#pour ne par réécrire quand on pointe vers un dossier
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d

#hop magique !
RewriteRule (.*) index.php/$1

#permet de se passer du "DirectoryIndex index.php/"
RewriteRule ^index.php$ index.php/